Les tomates trop mûres peuvent être sujettes à diverses moisissures, comme Penicillium expansum, et contenir de ce fait des mycotoxines thermostables comme la patuline. Ces mycotoxines peuvent se retrouver dans des produits dérivés comme les jus de tomate.

Les tomates mises en vente peuvent parfois contenir des résidus de pesticides. En France, selon les contrôles effectués par la DGCCRF, cela concernait en 2004 48,5 % des échantillons analysés. Toutefois seuls 3,5 % de ces échantillons dépassaient les LMR (limites maximales de résidus) fixées au niveau national ou européen.